Pengelolaan madrasah didasarkan pada RKT dan RKJM, yang menunjukkan kemandirian, kemitraan, partisipasi, keterbukaan, dan akuntabilitas. Madrasah melakukan EDM secara berkelanjutan. Perumusan RAPBM dengan melibatkan komite madrasah dan pemangku kepentingan. Madrasah mencari dana dengan inisiatif sendiri, membangun kerja sama dengan Dunia Usaha dan Industri. Madrasah membentuk ikatan alumni.